微波消解仪在微波加热作用下，破坏样品中目标组分的初始形态，而使其以无机离子高或较高价态的形式释放出来。微波加热与传统的加热方式不同，它不是通过热传导由表及里的“外加热”而是“内加热”，即样品和试剂在微波产生交变磁场作用下，产生介质的分子极化，极性分子随磁场变化交替排列，导致分子高速震荡，使物质分子剧烈振动和碰撞，致使温度迅速升高，在剧烈的碰撞搅拌作用下，促使消解酸与样品的接触，从而使样品迅速被分解，另外微波消解仪内产生的高压提高了消解酸的沸点，能够使样品在高沸点下进行消解，大大缩短消解时间。